Tập đoàn đã thành lập Công ty Xây dựng công trình Môi trường, có nhiệm chuyên xây dựng các công trình bảo vệ môi trường. Đến nay, hầu hết các đơn vị khai thác đã có hệ thống xử lý nước thải, và nhiều dự án bảo vệ môi trường hiệu quả. Mặc dù ở xa trung tâm đô thị, nhưng mới đây, Công ty TNHHMTV 45 thuộc Tổng công ty Đông Bắc – Vinacomin đã triển khai Dự án thu gom xử lý nước thải và chống trôi lấp với tổng giá trị trên 44 tỷ đồng.

Đơn vị này đóng trên địa bàn xã Đồng Rì, huyện Sơn Động, tỉnh Bắc Giang, cách trung tâm thành phố Hạ Long cũng như thành phố Bắc Giang gần 100 km, giáp ranh với huyện Hoàng Bồ, Quảng Ninh. Đến nay toàn bộ các hạng mục quan trọng đã cơ bản hoàn thành như: Cải tạo nắn gần 1 km suối, làm đường bê tông mới, mở rộng kho bãi, di chuyển đường điện 35KV, giải phóng đền bù… đạt gần 30 tỷ đồng. 

Các hạng mục đang tiếp tục triển khai và dự kiến sẽ hoàn thành toàn bộ dự án trong tháng 4 này như: Hệ thống thoát nước mặt bằng +132, cửa lò 225 – I, 225 – II,... Sau khi hoàn thành dự án này, Công ty Xây dựng Công trình Môi trường – Vinacomin sẽ được Tập đoàn Vinacomin gia nâng cấp và xây dựng mới Hệ thống xử lý nước thải hầm lò do Công ty 45 khai thác với giá trị gần 20 tỷ đồng.